政策落实情况跟踪审计，是指审计机关在国家重大政策开始执行或者执行过程中的某个时点介入，实施动态的审计监督，以及早揭示和反映妨碍国家政策顺利实施的困难和问题，督促及时整改，促进完善政策措施，推进政策贯彻落实，提升政策的执行效果。
在审计实践中，政策执行审计基本上有两种模式，一是独立型的政策执行审计。二是结合型政策执行审计，包括：与预算执行审计的结合，如：财政预算执行审计等；与专项资金审计的结合、与经济责任审计的结合、与专项审计调查的结合等。
相较于经济责任审计、财政财务收支审计等常规性审计，政策执行审计相对比较复杂，其项目涉及多个部门，综合多个方面。在审计过程中存在以下几个困难：
（一）缺乏政策预期指标，审计结论认同度低。
政策制定时一般都有较为明确的目标任务，但这些目标大多都比较笼统，缺乏具体的定性或定量指标，审计无法用权威的、普遍公认标准来衡量政策执行预期。如对公共资金存放管理的政策执行情况审计时，除资金的开设账户的个数、优惠利率的上浮比例、存放银行的选择等内容有一些硬性评价指标，可以通过量化衡量外，在对定活期存放比例、每日现金流量等内容进行评价时，却无法找到明确的标准，来界定如何既满足资金的安全性又保证存放效益的最大化。再如对药品零差率政策执行情况审计中，审计人员通过分析各家医院的各项指标和数据，发现虽然政府补贴了大量资金实行了药品零差率，但对患者而言，药占比和人均就医费用下降不明显，未能体现政策执行初衷。被审单位认可审计人员的整个分析过程及数据，但却否认审计结论，认为医药价格改革是一个大的体系，这两项指标没有下降，还有很多其他原因，不能直接把“看病贵”未能得到解决这一结果和这项政策执行效果直接划等号。
（二）审计介入时间节点难以把握。
政策执行审计主要特点是政策种类繁多且连贯性强，审计人员很难在短时间内掌握了解。且一项重大政策从酝酿、制定、出台、配套措施的制定、执行，再到显示出政策执行效果，有较长的周期，这就对政策审计介入的时间提出了较高要求。如果在政策成效还没有体现的时候介入，会对政策执行的效果缺乏深入分析，提出不恰当意见或建议，造成不必要的审计风险。如果在政策执行完成后再介入，政策制定和执行中的偏差无法得到及时调整，发现的问题也不能在过程中得到及时整改，从而产生巨大的纠偏成本。
